Você não disse se também estava migrando para o Exchange no mesmo novo servidor ou para um segundo servidor separado ou em todos os. De qualquer forma, a migração do swing é certamente o caminho a percorrer.
Se você não pretende migrar o Exchange, provavelmente deve migrar seus dados para o novo sistema e removê-lo primeiro seguindo este documento: link .
Eu não acredito que os erros que as outras pessoas mencionam em relação ao Exchange sejam um fator. Quando você adiciona o novo servidor 2008 como um controlador de domínio, o esquema atual (as tabelas e os campos em um banco de dados), inclusive para o Exchange 2003, é copiado para esse servidor e você também o transformará no mestre de esquema. Portanto, todos os campos, inclusive para o Exchange, que estão no esquema atual, ainda estarão presentes no novo servidor, mesmo que o Exchange não esteja em uso, e isso não é nada que você possa fazer: não é possível estender um esquema . Então, se você atualizar o Exchange para o novo 2008/2010, quando você vai estender ainda mais o esquema; ou se você remover o Exchange 2003 totalmente, tudo o que acontecerá é que você tenha campos vazios no banco de dados (Schema).