Então, você está perguntando se o TortoiseHG tem suporte para autenticação no IIS usando NTLM / Kerberos para passar o modo de Autenticação do Windows no IIS? A resposta é não; ele usa a autenticação básica, que requer credenciais de texto simples, sejam salvas ou inseridas.
Se você estava usando um protocolo baseado em SSH, parece que há algum meio de obtê-lo usando o GSSAPI para autenticação transparente do windows por meio de uma versão de suporte do plink; pense no assunto .