Sim, você pode. Você tem a opção de construir um kernel Debian a partir das mesmas fontes, ou construir um kernel a partir de fontes baunilha. Mainline tem suporte para o Xen4 embutido em versões recentes e não requer mais patches para o Xen funcionar; as opções para construir um DomU são aqui .
Corrigindo as fontes Debian deve ser possível usando o comando Debian make-kpkg
e amigos.