Meu trabalho bloqueia ativamente o Googlebot e outros rastreadores nos servidores quando a carga aumenta; Eu certamente não concordo com isso, e na minha opinião, é um sinal de algo muito pior com o servidor em geral quando temos que bloqueá-lo, apesar de estarmos hospedando milhares de sites diferentes; você, por outro lado, parece ter seu próprio servidor.
O que isso me leva a acreditar, como Rilindo adivinhou, é que há algo errado com sua configuração. A configuração de amostra que você deu tem pelo menos um item que se destaca como um dedão dolorido:
MaxRequestsPerChild 100
Você está ciente de que isso faz com que o Apache mate rapidamente os processos filhos e crie novos? O padrão para isso é 10000, na maioria dos casos. Gostaria de começar por defini-lo para 10000 e ver onde isso leva você.
Eu também vejo que você está usando o suphp; a menos que você tenha muitos usuários diferentes em seu sistema onde a segurança é uma preocupação, eu recomendo usar mod_php. O mod_php é um módulo do Apache que permite ao Apache processar o PHP, em vez de ter um executável PHP separado manipulando o trabalho. Isso permite que a memória e o tempo de CPU sejam compartilhados e encadeados por meio do Apache (supondo que você esteja usando um MPM encadeado, como worker ou event), o que significa uma carga geral reduzida.
Se usar mod_php não for uma opção devido a preocupações de segurança, recomendo mudar para mod_fcgid; é praticamente um substituto para o suphp, mas muito mais rápido.