Sim. Não há razão para que isso não funcione.
Editar - para esclarecer, o VSS cria instantâneos de disco; tanto em agendamentos (Cópias de Sombra na UI do Explorer), quanto quando aplicativos compatíveis com VSS solicitam instantâneos. Então, quando esses aplicativos quiserem acessar esses instantâneos, o VSS os apresentará.
Não há nada que impeça que mais de um instantâneo seja usado ao mesmo tempo - se esse fosse o caso, o Shadow Copy seria uma verdadeira tecnologia de baixa qualidade, por um lado. Além disso, estou certo de que nada impede que mais de um instantâneo seja criado ao mesmo tempo.
Então - sim, dois aplicativos de backup diferentes devem ser capazes de usar o VSS ao mesmo tempo. Os únicos problemas que você pode encontrar são espaço em disco ou desempenho (CPU ou IO); mas isso pode se aplicar a qualquer coisa que você possa mudar em um sistema de computador, por isso não precisa ser sublinhado neste contexto.