O Windows 7 usa um gerenciador de inicialização mais recente do que o Windows XP, então sim, seu MBR será substituído. Tendo feito isso em um ambiente de laboratório, posso dizer a você que uma reinstalação / recriação do Windows 7 em um disco rígido criptografado Guardian Edge resultará em um volume de inicialização não funcional e possível perda de dados.
Sua melhor aposta é descriptografar todos os discos rígidos, exportar dados do usuário, instalar o Windows 7, restaurar dados do usuário e criptografar novamente. Também tenha em mente que não há atualização in-loco do Windows XP para o Windows 7 disponível. Além disso, você pode precisar atualizar o Guardian Edge para compatibilidade com o Windows 7.