O failover do MSCS pode funcionar aqui - consulte o link para uma discussão e links sobre o failover do IIS 7 e do MSCS.
A única alternativa real é encontrar um balanceador de carga. Para o cliente não ser interrompido implica que um IP virtual é necessário, e alguma interrupção pode ser inevitável em qualquer caso (uma reconexão TCP pode ser necessária).
Se os dois serviços da Web forem os mesmos , ou seja, são 100% intercambiáveis, considere um cluster NLB ou um cluster de proxy reverso que possa executar o monitoramento de integridade. (NLB não faz monitoramento de integridade; NLB não se importa).
No lado da Microsoft, o TMG ou o ISA Server poderia fazer isso, com monitoramento de integridade e clustering integrados. O Application Request Routing para IIS 7 também poderia executar essa função de failover e monitoramento de integridade, mas seria necessário agrupar manualmente o cluster. Caixas ARR.