Para alterar a senha root do seu CentOS no EC2 com o webmin instalado, use o seguinte comando após o login com o seu ssh.
/usr/libexec/webmin/changepass.pl /etc/webmin root <yourpassword>
depois de alterar a senha que você pode acessar com uma nova senha de root no webmin ofcourse, você também pode se autenticar com o seu ssh e chaves privadas.