Em qualquer caso, você terá que escrever uma lógica de transformação específica, já que seus esquemas são diferentes, mesmo com o SSIS. Não há nada que seja capaz de discernir onde colocar as coisas no novo esquema apenas comparando os dois esquemas.
O SSIS tem utilitários para ajudá-lo a desenvolver essa transormação em um estilo mais visual, mas se você não estiver familiarizado com o SSIS, poderá ter uma curva de aprendizado. Minha opinião é que é melhor escrever procedimentos armazenados para uma única migração.