Primeiro, ssh na sua caixa. Assim:
ssh username@ip
Supondo que você não tenha desativado a autenticação de senha, você poderá inserir seu nome de usuário / senha após isso.
Então, entre no mysql:
sudo mysql -p
Digite sua senha root do mysql. Agora você pode executar:
show databases;
Para ver os bancos de dados que você tem
drop database databasename;
Para excluir um banco de dados
select * from mysql.user;
Para ver todos os usuários atuais do mysql
delete from mysql.user where id = x;
Onde x é o ID do usuário que você deseja excluir, exclui o usuário.
Espero que ajude! Como alvosu disse, ler a documentação é o melhor lugar para começar.