Eu não consigo entender bem você, mas acho que você está tentando dizer é que você quer fazer o seu USB funcionar como uma instalação portátil do Ubuntu.
Tente seguir este guia , mas defina o "espaço usado para preservar arquivos em reinicializações" o espaço que você deseja ter.
(por exemplo, se você quiser ter 1 GB de espaço, coloque 1024)
Espero que isso funcione.