Eu realmente consideraria adicionar um terceiro servidor para isso. O Sql Server faz muito melhor quando você pode fornecer hardware dedicado. E quando você adiciona esse servidor, você está certo no ponto onde você também pode querer considerar colocar coisas dentro de máquinas virtuais para redundância e gerenciamento simplificado. É incrivelmente legal a primeira vez que você evita uma interrupção prolongada após uma falha de hardware, porque você acabou de fazer uma cópia do seu vhd em uma das outras máquinas até que a peça chegue.
Se você não puder fazer isso, você vai querer olhar para carregar e colocar seu banco de dados no servidor com a menor carga. Especialmente considere disco io aqui. Dependendo de como você usa o servidor de terminal, minha preferência seria que o servidor sbs seja provavelmente sua melhor opção, mas você precisará medir para saber com certeza.
E pensando nisso, minha opção favorita de dois servidores envolve a remoção de serviços de terminal e dar essa caixa principalmente para o sql server. Em seguida, instale o hyper-V ou o VMware em ambas as caixas e tenha uma instância de serviços de terminal em execução em cada uma, para dividir a carga com a qual o servidor já pode manipulá-la. Você pode configurar alguns usuários para se conectarem a um servidor de terminal e enviar o restante de seus usuários para o outro servidor.