Não fizemos uma comparação de desempenho entre o NFSv3 e o v4, por isso não posso comentar o desempenho. Como você, estamos usando um NetApp para NFSv3 (versões mais recentes do suporte a ONTAP v4 em produção agora, BTW); nossa implementação do NFSv4 está no ZFS.
(Se o desempenho de milhões de arquivos pequenos for de importância crítica para você, tenha em mente que ele tem sido historicamente um dos pontos fracos da NetApp. Disseram-me que o cache do PAM pode ajudar a aliviar esse problema, mas Eu também não testei o teste. Há também documentos que o representante da NetApp pode ajudar a obter esse ajuste de endereço para muitos arquivos pequenos.)
Para nós, o maior motivo para migrar para a v4 eram as ACLs que não eram possíveis com a v3; a remoção da propriedade aclmode do ZFS no ano passado nos causou alguns problemas menores. Há uma visão geral relativamente boa das ACLs do NetApp NFSv4 aqui:
Uma outra observação: Dependendo da idade e do tipo específico de seus clientes, você pode ser forçado a fazer upgrade para obter uma implementação mais funcional do cliente NFSv4, e alguns clientes não possuem recursos que podem ou não ser importantes para você, por exemplo Clientes Linux não suportam atributos nomeados AFAIK.