Can TPM be used to authenticate the computer to a remote server?
Sim, é possível - mas não trivial, e já dissemos isso.
Citado em sua pergunta aqui
A TPM is about the only way to go about what the poster is asking for and, even then, it's a long shot. Assuming the users of these computers don't have the equivalent of "superuser" access and the computers are using full disk encryption with a boot-loader that allows the TPM to insure "trust" in the OS then the post has a chance. Even then, you're banking on a lot of "moving parts" working in a bug-free fashion to keep this trust up.
Resumidamente, use uma conexão vpn, mas em vez de conceder aos usuários acesso à chave ou nome de usuário e senha, uma chave estática por máquina é salva no keystore do TPM das máquinas. Isso autenticará efetivamente o computador.
Para sua segunda pergunta:
How can I use TPM to protect my application from being cloned to another pc ?
Criptografia de Disco Cheio. Em termos simples, você criptografa o disco rígido com uma chave e essa chave é armazenada no keystore do TPM. Como ele é armazenado no hardware, a chave para descriptografar o disco rígido não pode ser clonada.
Ainda assim, os usuários poderão clonar o disco rígido - eles não poderão descriptografá-lo em nenhum outro local além do computador original.