ErrorLog
directiva em Apache
não pode ser personalizada.
Se sua intenção é reduzir FDs, com um único log de acesso, milhares de virtualhosts, você os reduzirá (FDs) em pelo menos n * virtualhosts.
Minha sugestão é manter o log de erros para cada VH e, como você diz, dividir seu log de acesso como você já está fazendo.
Se for necessário configurar um único log de erros, cada entrada no error_log tem uma entrada correspondente em access_log, então com alguma magia perl você poderia fazer o trabalho, mas eu acho que não vale a pena o esforço, já que levaria algum tempo para processar e é muito sujeito a erros.