A forma como funciona atualmente é que qualquer aplicativo desenvolvido internamente possa ser implantado OTA, mas aplicativos de terceiros devem ser instalados através da App Store. As empresas que configuram uma solução MDM para gerenciar seus dispositivos iOS geralmente escolhem algo que vem com um recurso para instalar um WebClip nos dispositivos. Este WebClip abrirá um site (mantido pela ferramenta) e exibirá uma lista de aplicativos "recomendados" para os usuários, e qualquer um deles poderá tocar e será levado à página da App Store desse aplicativo. Tudo o que o usuário precisa fazer é tocar no botão Instalar ou Comprar usando sua própria conta do iTunes ou uma empresa compartilhada do iTunes (dependendo do tamanho da empresa, isso pode não ser viável). A Apple lançou recentemente um programa de compras de volume apenas para instituições de ensino. Isso significa que eles podem comprar em massa e entregá-los aos seus dispositivos, eu acredito em OTA, mas não positivo nisso. A Apple anunciou nas últimas semanas que estenderá o programa para as empresas também, mas não um cronograma em que o fará. Isso pode permitir compra em massa e entrega de OTA, mas novamente não é positivo nesse ponto.
Com dispositivos iOS, uma das estratégias mais comuns que você verá na empresa é o que eles chamam de abordagem de cenoura e bastão (eu não inventei o termo). A lista de aplicativos necessários e recomendados é publicada para os usuários e os aplicativos instalados são monitorados. Se um aplicativo necessário não estiver instalado, a solução MDM negará o acesso do dispositivo aos recursos corporativos até que ele se torne "compatível". Essa estratégia é usada para outras coisas que a empresa quer "exigir" também.