Aqui está uma boa referência para vários utilitários SQL.
Destes, eu usei somente sqlshell e ele fez o que você fez. sql da linha de comando. É baseado em java, então você vai precisar de um java 6 jre para usá-lo. A versão do arquivo jar tem um gui para a instalação, portanto você pode querer a versão zip.
O Henplus também parece que faria o que você quer.
Eu não vi nenhum deles nos repositórios.