Não há como o serviço FTP do IIS 6 usar qualquer sistema de autenticação além dos usuários do Windows (sejam eles de domínio ou locais).
Você poderia usar alguns scripts (sugiro strongmente o PowerShell, é fácil consultar o SQL Server de lá) para criar automaticamente essas contas de usuário ... mas tenho medo de mantê-las sincronizadas não seria uma tarefa tão fácil.
Existem outros servidores FTP por aí, é claro; provavelmente alguns deles podem usar um banco de dados SQL para autenticação; um pouco de googling acabou por ser esse, por exemplo (embora não seja gratuito): link .