Se você estiver usando o SCCM para controlar o WSUS, não use o Console de administração do WSUS. É uma boa ideia excluir o atalho todos juntos. Aprovar atualizações no SUM (Console do SCCM, seção Atualizações).
Por outro lado, você pode ter ambos instalados e apenas usar o WSUS; você não é obrigado a usar SUM. Em ambos os casos, verifique se a configuração do site está configurada corretamente para o que você escolher.
O processo de aprovação do SCCM é diferente do WSUS e o cliente não utilizará mais o serviço WAU para instalar atualizações; o serviço CCM instalará as atualizações.
Se você estiver um pouco confuso sobre como implantar atualizações com o SUM, A Microsoft tem um Guia .
E há muito na documentação do departamento para Atualizações de Software no Configuration Manager .