Pode haver uma maneira melhor, mas se houver informações confidenciais, eu recomendaria que você as colocasse em um arquivo que ninguém mais possa ler. Em seguida, você passa o arquivo como um argumento para o programa e esse programa pode abrir o arquivo e analisar as informações necessárias.
Se for realmente sensível, você pode criptografar o arquivo em si, mas criar um arquivo que somente o proprietário possa ler é bom o suficiente para chaves ssh privadas.