Existe algum motivo para você executar o VMware Server em vez do ESXi? O ESXi é gratuito e lhe dará significativamente melhor desempenho, tanto em termos de I / O de disco / rede quanto em desempenho de CPU e memória.
O que você está vendo é bem normal - você está recebendo altos níveis de contenção de IO no host e todos estão sendo forçados a esperar sua vez pelos recursos físicos do servidor. Para corrigir isso, considere mudar para o ESX, ESXi ou possivelmente usar discos rígidos mais rápidos.