A estrutura do Plesk inclui um diretório privado junto com seu httpdocs / cgi-bin etc.
O diretório privado tem permissões mais apertadas do que o diretório httpdocs, que pode ser lido pelo usuário e pelo grupo psaserv.
Como é um VPS, você pode alterar as permissões do diretório privado (/var/www/vhosts/domain.com/private ou c: \ inetpub \ vhosts \ domain.com \ private) para refletir as mesmas permissões que o diretório httpdocs. Então você poderia usar o diretório privado.
Acho que não há nada que o impeça de criar seus próprios diretórios com as mesmas permissões que o httpdocs.
Nota: você pode precisar fazer isso via SSH ou área de trabalho remota como o usuário root / administrador. Eu não acho que o gerenciador de arquivos plesk vai deixar você fazer isso ... mas, talvez seja.