1.) Verifique se você está protegido por um firewall que bloqueia todas as portas, exceto o que você precisa.
2.) Mantenha seus patches atualizados.
3.) Remova todos os serviços que você não está usando, incluindo FTP. Se você estiver usando FTP, pare e use algo seguro como o ssh.
Além disso, é bastante seguro. Configure seu firewall para permitir que você acesse o servidor remotamente (com SSH ou RDP) a partir de endereços IP definidos.