Você não pode simplesmente desinstalar e reinstalar o OWA, é um componente interno do Exchange.
Eu usei esse artigo no passado para corrigir com êxito alguns problemas, particularmente os passos 5 e 6, que lida com problemas de imagem de espaço reservado, que podem ocorrer com bastante frequência em 2003.
Você não mencionou qual é o problema específico, por isso não posso fornecer mais detalhes.