O FTP funciona e será mais rápido que o WebDAV em muitas situações, mas o uso seguro do FTP é um diferente - o WebDAV seguro, por outro lado, é apenas WebDAV sobre HTTPS, em vez de HTTP simples. Como observado por Scott, o HTTP é um protocolo muito mais simples de trás de NAT e firewalls, o que é um bônus.
Pessoalmente, gostaria de evitar ambos e usar sftp ou rsync -over- ssh sempre que possível para transferência de arquivos (os dois funcionarão com muita segurança, incluindo a autenticação de chave pública, sem causar problemas com a maioria dos firewalls e pode compactar os dados à medida que são transferidos; sftp é “os recursos do FTP sobre o protocolo SSH”, enquanto rsync é bom para transferir muitos arquivos, alguns dos quais podem ou não ter sido alterados um lugar para outro, incluindo para um servidor remoto através de uma variedade de protocolos).