Estou apenas supondo que o Flash Player é um blob binário com bugs - mas a alta carga de CPU pode significar que o Flash Player não está usando aceleração de hardware. Então, vá para qualquer vídeo do YouTube, abra-o em tela cheia (isso é importante devido a bug estranho no Flash Player caso você esteja usando o Unity 3D / Compiz), clique com o botão direito em vídeo, selecione Configurações ... e certifique-se de que Ativar aceleração de hardware está marcado.
Você também pode tentar excluir as configurações do Flash player, mas pode perder alguns dados "importantes" como pontos de verificação em jogos Flash (dados armazenados exclusivamente pelo Flash Player). Saia do navegador e exclua / mova o diretório ~ / .macromedia / Flash_Player com o Nautilus ou use este comando:
rm -r ~/.macromedia/Flash_Player
Veja também se você tem o pacote libvdpau1 instalado, isso permite que os players de vídeo usem a decodificação de vídeo por hardware. O Flash Player também usa isso até certo ponto, mas é problemático (em algumas condições, os vídeos no YouTube podem ter trocado os canais de cores azul e vermelho). Veja esta resposta para mais detalhes.