Qual é a maneira preferida de instalar pacotes R no Ubuntu?

Question

Estou instalando em R no Ubuntu, mas estou um pouco confuso com as muitas opções que existem para instalar pacotes.

A maneira tradicional é instalá-los, dentro de R, fazendo install.package() . O Ubuntu, no entanto, oferece a possibilidade de instalar com apt-get . Isso é interessante, pois o sistema operacional manterá os pacotes atualizados. Como eles têm apenas alguns pacotes disponíveis, isso criará problemas mais cedo ou mais tarde. Eventualmente, terei pacotes de instalação da maneira tradicional, tendo eles instalados de maneiras diferentes, e talvez (?) Isso também crie problemas de versão.

Qual é a maneira preferida de instalar e manter os pacotes R no Ubuntu?

    

Answer 1

Eu acho que os únicos pacotes R disponíveis através dos repositórios do Ubuntu são os pacotes mantidos pela equipe principal de desenvolvimento R. Como na maioria dos pacotes, aqueles disponíveis através de apt ou synaptic nem sempre são as versões mais recentes. Felizmente, você tem a opção de adicionar uma fonte de software mantida pelo CRAN criando um novo arquivo em /etc/apt/sources.list.d/CRAN.list que contém uma única linha de texto:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(substitua trusty/ pelo nome de código da sua distribuição; se você não souber, digite lsb_release -c em um terminal). Depois disso (e apt update ) seu gerenciador de pacotes sempre instalará (ou atualizará) as versões mantidas pelo CRAN de r-base , r-base-core , etc., porque elas terão números de versão mais altos que os do debian fontes. Veja aqui se apt reclamar sobre o repo não estar assinado.

Para todos os outros pacotes (AKA "Contributed Packages"), eu prefiro instalar dentro do R via install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package")) sempre que possível, a menos que eu saiba que a versão no CRAN é antiga e que uma versão mais nova tem funcionalidade que eu necessidade. Nesses casos, você pode instalar a partir do GitHub com devtools::install_github('AccountName/RepositoryName') ou fazer o download de um arquivo e instalá-lo a partir de uma janela do terminal via R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz , ou dentro do R via install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source") .

Para completar, aqui está a orientação oficial do CRAN .

    

Answer 2

Eu normalmente instalo usando apt-get r-cran sempre que possível, pois isso cuida das dependências e atualizações de uma maneira mais limpa. Só se não estiver disponível eu vou usar instalar de dentro de R.

Note que existem dois repositórios para os pacotes R Debian:

1. Oficial R: fornece alguns pacotes. Para incluí-lo, você precisa adicionar o link ao repo atualizando seu arquivo source.list . Isso está documentado na página do CRAN-Ubuntu , em seguida, execute apt-get update , depois atualize

2. PPA: Michael rutter fornece um ppa , cran2deb4ubuntu , que contém muitos outros pacotes. Para alguma documentação, veja o final de este blog . Você só precisa executar (depois de atualizar / atualizar):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Answer 3

Por favor, note que para o R 3.5.0 o nome do repositório foi alterado e as Bibliotecas de Visualizações de Tarefas pré-compiladas por Michael Rutter estão agora disponíveis em cran2deb4ubuntu_3.5