Uma coisa que você pode querer tentar é uma ferramenta para construir um mapa do site, essas ferramentas rastrear o seu site para estabelecer todos os links etc e irá relatar uma página 404. Eu uso o Google Sitemap Automater no Mac, mas tenho certeza de que há muitas versões do Windows que farão o mesmo coisa. Eles então lhe darão uma lista de links que apontam para páginas 404.