Do que eu aprendi até agora, as consultas são registradas chamando o método RecordClick do serviço da web de pesquisa. A webpart Microsoft.Office.Server.Search.WebControls.SearchResultsBaseWebPart, que é usada para renderizar resultados de pesquisa, faz a mágica acontecer.
Quando a página renderizada por SearchResultsBaseWebPart é carregada, uma função é registrada para o evento onlick de todos os elementos de link HTML, cujo ID corresponde a um filtro RegExp. O evento unload da página também é registrado para enviar uma solicitação de soap contendo um objeto Microsoft.Office.Server.Search.Query.QueryInfo serializado para o método RecordClick do serviço da Web de pesquisa. As propriedades do objeto QueryInfo são armazenadas no banco de dados do provedor de serviços Share, nas tabelas MSSQLogUnprocessed e MSSQLogNonClickedUnprocessed.
Esta é a única funcionalidade de registro de consultas que encontrei até agora. Se você conhece ou encontra outros leads, compartilhe-os.
Reuni essa informação olhando as diferentes classes no Reflector. Espero que ajude.