Eu tive o mesmo problema com o Kubuntu 16.10, mas consertei hoje.
O centro de atualizações mostrou uma notificação após cada inicialização, que pode ser necessário que o software de terceiros funcione corretamente. Eu cliquei na notificação e uma caixa de diálogo foi aberta. Demorou algum tempo, mas depois de alguns minutos a caixa de diálogo mostrou a mensagem, que o sistema precisa do pacote intel-microcode:amd64
para ser executado corretamente.
Aqui está a entrada de log da operação que o apt fez:
Start-Date: 2017-03-26 17:02:24
Install: intel-microcode:amd64 (3.20160714.1), iucode-tool:amd64 (1.6.1-1ubuntu0.1, automatic)
End-Date: 2017-03-26 17:02:36
Desde que eu instalei esses dois pacotes, o CS: GO roda perfeitamente com os gráficos ao máximo.