Você leu a manpage de quotacheck
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It is strongly recommended to run quotacheck with quotas turned off for the filesystem. Otherwise, possible damage or loss to data in the quota files can result. It is also unwise to run quotacheck on a live filesystem as actual usage may change during the scan.
[...]
-f, --force
Forces checking and writing of new quota files on filesystems with quotas enabled. This is not recommended as the created quota files may be out of sync.
Portanto, não o execute em um sistema de arquivos ao vivo. De qualquer forma, por que você está rodando no cron.daily? quotacheck
é necessário apenas se os dados da cota estiverem fora de sincronia com o sistema de arquivos, geralmente após um travamento do fs, ou se o fs foi usado sem cotas.
Durante o uso normal, as cotas são atualizadas automaticamente, não há necessidade de executar o quotacheck regularmente.
Manipulação novamente:
quotacheck should be run each time the system boots and mounts non-valid filesystems.
Então, execute o quotacheck em seus scripts de inicialização (deve estar lá já) e perca o cron job.