Você provavelmente está lidando com um instalador que foi criado usando caixas de diálogo e scripts "Personalizados" que não suportam a instalação ou desinstalação do modo silencioso.
Você pode tentar executar o instalador usando isto:
setup.exe /s /f1"%cd%\uninstall.iss" /verbose"%cd%\logging.txt"
O que criará um arquivo de log do mecanismo MSI. Isso é muito detalhado, mas isso pode ajudá-lo a solucionar esse problema. Mas isso é improvável ...
Infelizmente, recentemente resolvi o mesmo tipo de problema em uma configuração que eu tinha o código, e que "ErrorCode = -3" é praticamente inútil, variando de variáveis MSI internas não definidas, a mensagens de erro sendo exibidas por o instalador e não está sendo tratado corretamente ...