Poderia ser um problema de rede, os clientes podem ter problemas para resolver nomes (netbios e dns) ou simplesmente problemas ao acessar recursos de rede e, portanto, qualquer coisa que acesse arquivos, por exemplo, pode congelar a espera de vários tempos limite.
Coisas simples como ter perfis de usuário em roaming em um servidor de arquivos com algum redirecionamento de pasta e uma rede "defeituosa" com um mau funcionamento ou desconfiguração podem causar atrasos e problemas de resposta da interface do usuário por vários minutos no Windows se fizer parte de um domínio. Desde Explorer.exe é mencionado como um acidente freqüente não é muito exagerado, eu acho.
Isso acontece ou é resolvido se você desconectar o cliente de qualquer conexão de rede (para que essas conexões sejam realmente fechadas no cliente)?
Isso acontece se você fizer logon como usuário local e, por isso, nenhuma política de grupo no nível do usuário é aplicada?