Procure também automatizar o uprade usando o webstart (que possui restrições adicionais) ou integrar a atualização no script de inicialização, por exemplo, algo assim: 1. verifique se há arquivos em novo / copie-os em produção 2. inicie a aplicação
Desta forma, tudo o que você precisa é de um reinício. E você pode copiar, rsync, ftp, ...