Normalmente, o roubo da CPU ocorre em qualquer infraestrutura virtualizada, conforme as necessidades das VMs mudam. O roubo de CPU é o roubo de ciclos de sua VM por outra VM - não por diferentes núcleos dentro de sua VM.
Dado que a Amazon está usando uma build (embora altamente customizada) do Xen, o roubo da CPU deve ser esperado até certo ponto, e < 1% é absolutamente esperado e não deve realmente alterar as características do desempenho da instância.
Além disso, a Amazon afirma explicitamente que as instâncias EC2 recebem ECUs - Elastic Compute Units - que se traduzem em uma certa quantidade de ciclos quando comparados com uma CPU específica (da memória costumava ser um Xeon mais antigo), então só porque você está dado um certo número de núcleos de CPU não significa que você está recebendo esse número de núcleos físicos.