por que você está instalando a partir do código-fonte e não do pacote fornecido pelo Ubuntu? Existe alguma razão específica para isso?
Você criou as pastas referenciadas?
Linha de correspondência no monitrc como
include /etc/monit/conf.d/*
O procedimento de instalação referenciado é para M / Monit, que não é Monit.
monit é a ferramenta client para interagir com o monit deamon, então o comando monit restart all
é um pouco estranho aqui.