Não, se você não tocar nesses outros discos durante a instalação e não houver RAID ou espelhamento, a modificação da unidade C: não prejudicará seus outros discos.
Você deve fazer o backup antes de reinstalar o sistema operacional, porque algo sempre pode dar errado. Ou, pelo menos, desconecte essas unidades do seu computador antes de instalar o sistema operacional para que você não possa apagá-las acidentalmente.