Os usuários ainda podem excluir mensagens, e essa é a causa mais provável das mensagens ausentes.
Políticas de retenção são usadas para "expirar" itens com base em determinados critérios, mas não impedem que objetos sejam excluídos por um usuário.
No Office 365, se você precisar impedir que os usuários excluam as mensagens, será preciso pressionar as caixas de correio. Você pode definir períodos de tempo em que as retenções estão ativas, após as quais as mensagens podem ser excluídas ou deixá-las ativadas indefinidamente.