apt-get upgrade não faz uma atualização completa. Ele atualizará apenas os pacotes existentes e não fará nada que envolva a instalação de novos pacotes ou a remoção de pacotes antigos, ambos geralmente necessários para uma atualização completa.
São essas outras atualizações que o Gerenciador de Atualizações deseja aplicar.
Eu nunca usaria apt-get upgrade e sempre usaria apt-get dist-upgrade .
Eu também não passaria em -y . Dado o que eu acabei de dizer sobre apt update , isso provavelmente é seguro, mas apt dist-upgrade poderia fazer mal se você fizesse alguma coisa tola de antemão. Sempre verifique se o Apt não vai fazer algo bobo. Leva segundos e economiza horas.