Tente alterar o comando
duplicity /source-dir pexpect+sftp://backup.server.com/storage
para
duplicity /source-dir --ssh-backend=pexpect sftp://backup.server.com/storage
Testado com a duplicidade 0.6.24 no debess jessie 8.7
duplicidade de homem:
--ssh-backend backend
Allows the explicit selection of a ssh backend. Defaults to paramiko.
Alternatively you might choose pexpect.
O esquema 'pexpect + sftp: //' foi introduzido em uma versão posterior de duplicidade.