Verifique se você tem mais de um bloco de servidor na sua configuração. No meu caso, acho que foi causado por ter um redirecionamento de HTTP como abaixo. As solicitações HTTP estavam sendo registradas no caminho de log padrão, mas as solicitações HTTPS eram registradas onde eu esperava.
server {
listen 80 default_server;
listen [::]:80 default_server ipv6only=on;
return 301 https://example.com$request_uri;
}
server {
listen 443;
access_log /path/to/my.log;
...
}