Desculpe pela resposta tardia, mas enviei um ticket com o Double Take e esse problema é causado porque quando o Double-Take Application Protection cria um job, ele define o atributo msExchOwningPFTree do servidor em espera (Target) para NUL. Essa configuração é necessária para que a replicação pública entre os Exchange Servers e o Exchange Server em espera não ocorram. O script de desinstalação do Exchange Server falha porque está procurando o valor do atributo ausente.
A solução para o problema era usar o ADSIEDIT para localizar CN = Configuration, CN = Serviços, CN = Nome da Organização, CN = Grupos Administrativos, CN = Grupo Administrativo do Exchange (FYIXXXXXXXXXXX), CN = Bancos de Dados, CN = Banco de Dados de Pasta Pública 123123 (DRServer Name) e exclua a pasta inteira.
Uma vez feito isso, o processo de desinstalação foi executado sem problemas.