Você pode usar a árvore para ver a estrutura visual como:
tree folderA
tree folderB
ou você pode usar o diff para ver quais arquivos são diferentes em cada subpasta
diff folderA folderB
A pasta B é obtida de (uma cópia da) pasta A por um aplicativo undelete, como extundelete e, portanto, sua estrutura está desarrumada. Como posso determinar se todos os arquivos em B e suas subpastas existem em algum lugar em A também?
Aqui estou assumindo que os arquivos tenham nomes preservados, mas a mesma pergunta pode ser solicitada quando a comparação de arquivos é feita usando apenas o conteúdo do arquivo.
Você pode usar a árvore para ver a estrutura visual como:
tree folderA
tree folderB
ou você pode usar o diff para ver quais arquivos são diferentes em cada subpasta
diff folderA folderB