Uma porta deve ter uma atribuição de VLAN. Se você precisar que ele seja completamente desconectado, configure-o para uma VLAN inexistente e encerre a porta.
interface fa0/1
switchport access vlan 901
no switchport access vlan 1
shutdown
(Não tenho certeza se o "não" é necessário. Não tenho um switch nos meus dedos com uma porta aberta para testar).
Dito isto, shutdown
deve ser suficiente por si só.