O Windows Server suporta dois métodos mutuamente exclusivos para definir cotas quanto à quantidade de recursos do sistema de arquivos que um usuário pode usar - cotas de disco ou cotas de diretório. As cotas de disco foram introduzidas no Windows 2000 e aplicadas a usuários específicos e limitam a quantidade de espaço em disco que o usuário pode usar em um determinado volume. As cotas de diretório são aplicadas a todos os usuários e limitam a quantidade de espaço em disco que os usuários podem usar em uma pasta específica e em suas subpastas.
Este link link tem uma explicação muito boa e, embora esse link seja para um servidor mais antigo, mas o conceito geral não mudou. Espero que isso ajude