Sim, é possível! No entanto, depende da versão do WebSphere que você está utilizando. Com o WebSphere Application Server Network Deployment, simplesmente crie uma nova JVM (também conhecida como "WebSphere Application Server") navegando até "Servidores > Tipos de servidor > Servidores de aplicativos do WebSphere > Novo ..." Cada JVM dedicada possui suas próprias portas https (Servidores > Tipos de servidores > Servidores de aplicativos WebSphere > Portas). Depois de criar o novo jvm, basta implantar seus dois aplicativos nos diferentes jvms.
Se você tiver o WebSphere Base Version, a criação de novas JVMs não será suportada na GUI. Você precisa usar o script wsadmin. Esta postagem do blog descreve como criar um novo servidor com o wsadmin .
Como alternativa, você pode criar um novo perfil (conjunto de configurações completo) no mesmo host. Use a ferramenta manageprofile para isso. Esta postagem do blog explica como criar um novo perfil do Websphere
Outra solução é adicionar uma cadeia de transporte e uma porta ao jvm. Para isso, vá para "Servidores > Tipos de servidor > Servidores de aplicativos WebSphere > servidor1 > Cadeias de transporte de contêiner da Web > Novo ..." e atribua um nome à sua cadeia e selecione "WebContainer-secure". Clique em próximo. Digite sua porta secundária desejada https e clique em próximo e terminar. Salve a configuração e reinicie seu websphere.
No entanto, esta porta https secundária pode ser usada por ambos os aplicativos.