O balanceamento de carga HTTPS é agora disponível em Alpha e pode agora representar o melhor solução para você.
Problema 1: O Gerenciador de Grupo de Instâncias espera que seus grupos sejam completamente homogêneos. Portanto, quando um grupo de instâncias gerenciadas é configurado para adicionar instâncias a um pool de destino, é natural para adicionar os já existentes, bem como os futuros. Se você precisar dividir para que algumas instâncias adicionadas ao pool de destino e outras não, você deverá separar os grupos de instâncias.
Problema 2: É possível usar balanceamento de carga de rede com instâncias que possuem somente endereços IP privados. No entanto, a regra de encaminhamento deve ter um endereço IP externo.
Problema 3: Você está correto, o Autoscaler não faz verificações de integridade e não destrói automaticamente uma instância que falhe nas verificações de integridade do balanceamento de carga. Se você quiser isso no momento, faça isso manualmente (recomendo usar a chamada "recriar" do Instance Group Manager).