Para backups completos do sistema no EC2, você deve usar os snapshots do EBS. Para backup de dados no S3 / Glacier eu iria com S3cmd em sistemas Linux e Cloudberry Backup ferramentas no Windows (Não são gratuitas, mas valem cada dólar).
O S3cmd é uma ferramenta de linha de comando simples que você pode usar em seus scripts de backup padrão para enviar uma cópia para um bucket do S3. Para rotações Glacier, use regras de ciclo de vida S3. Funciona como um encanto.
No Windows, não consegui encontrar uma ferramenta de backup livre decente para o S3, mas o Cloudberry é ótimo. Ele permite que você configure centenas de opções (controle de versão, exclusões de arquivos, vários back-ends de armazenamento ...). Além disso, nenhum problema com ele até à data.
Bônus Track: Para backups S3 específicos do SQL Server, eu usaria a solução Keymetric SQL Backup Master em vez do Cloudberry. É mais simples, eficaz e barato.