A desinstalação não fará diferença. Você precisa limpar o centro de software. Execute os seguintes comandos e poste qualquer erro:
sudo apt-get purge software-center software-center-aptdaemon-plugins
Então , reinstale-o:
sudo apt-get clean
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install software-center software-center-aptdaemon-plugins
EDITAR
Parece que pode ser relacionado a hardware, pois a única coisa fora do normal é o erro do barramento. Você pode tentar executar o seguinte comando:
sudo rm /var/cache/apt/*.bin