Eu não sei se você pode parar o daemon por completo, mas você pode simplesmente deletar a seção NTP da configuração.
Do modo de configuração:
delete system ntp
commit
Estou tentando desligar / desativar o daemon ntp em execução em um Juniper SRX-240 (jun / 11.4), mas o solução óbvia aparentemente não é válida para essa combinação de hardware / software.